Elnacimiento y desarrollo de la UNSAM se halla espiritual y territorialmente ligado al Partido de Gral. San Martín, ciudad de la tradición y capital de la industria.
Como una de las nuevas universidades públicas, la creación de la UNSAM estuvo sostenida por dos tendencias; una, la más lejana, ligada a un intento iniciado en la década del setenta, de descentralización de las grandes universidades; otra, surgida del deseo de la propia comunidad de San Martín de contar con una universidad en su territorio. En esta tensión se forjó la identidad inicial de la UNSAM, promoviendo las capacidades y atendiendo las demandas locales, y respondiendo a las áreas de vacancia en el sistema universitario argentino.
Las primeras actividades académicas de grado y posgrado se iniciaron en 1994. Hoy, la universidad cuenta con diez unidades académicas: Escuela de Ciencia y Tecnología, Escuela de Economía y Negocios, Escuela de Humanidades, Escuela de Política y Gobierno y Escuela de Posgrado; Instituto Sabato, Instituto de Ciencias de la Rehabilitación y el Movimiento, Instituto de la Calidad Industrial, Instituto de Investigaciones Biotecnológicas, e Instituto de Altos Estudios Sociales.
